Software para microbiología

Además de los microscopios y placas de Petri, las computadoras son una herramienta importante para los microbiólogos. Software para la investigación de microbiología incluye herramientas utilizadas por otras disciplinas científicas y de ingeniería, así como aplicaciones especializadas para el estudio de las bacterias y otros microorganismos. Muchas aplicaciones desarrolladas por agencias gubernamentales, fundaciones sin fines de lucro o investigadores académicos están disponibles como software libre para descargar y utilizar como su experimento o práctica de laboratorio requiere.

Herramientas de visualización

Una imagen física o mental de los datos en bruto recoja puede ayudar a comprender mejor su calidad, relevancia e implicaciones. El código abierto y el software de visualización de datos comercial es ampliamente disponibles para la investigación de microbiología. Crear tablas y gráficos de sus datos mediante el uso de LibreOffice Calc, Excel de Microsoft o con el sistema de visualización de datos Mondrian. RasMol aplicaciones Cell-O y ayudan a crear modelos animados en 2D y 3D-de moléculas biológicamente importantes, como las proteínas y aminoácidos.

Modelo matematico

Grandes colecciones de datos microbiología rinden a menudo información más significativa una vez que han sido analizados numéricamente. paquetes de software MATLAB, octava y SciPy que realizan el refinamiento matemático, análisis y modelado de los datos científicos. Usar estos paquetes para hacer parámetro estimar a través de ajuste de curvas, las predicciones epidemiológicas, las simulaciones de crecimiento bacteriano y el ruido de datos o eliminación efecto estocástico. Estas aplicaciones también realizar cálculos estadísticos, como análisis de varianza o pruebas de Chi-cuadrado.

genoma Bioinformática

aplicaciones de software Microbiología también ayudan a visualizar y mina de información de la secuencia de ácidos nucleicos que componen el ADN de un microorganismo. La Fundación Bioinformática Abierta proporciona, de código abierto de secuenciación y análisis de DNA aplicaciones libres como BioJava y Biopython que extraen datos de los bancos de información genoma, analizar código de ADN de un organismo y compararla con otras muestras de ADN. Los paquetes adicionales de análisis del genoma incluyen Relieve, HMMER, Clustal Omega, Filogenia Inferencia paquete, o PHYLIP, y la manipulación de secuencia suite, o SMS.

referencia de software

El rápido ritmo del descubrimiento científico en microbiología y cambios regulatorios gubernamentales hace que sea esencial que los microbiólogos tienen fácil acceso a la información que afecta a su trabajo. Hugo es un paquete de software comercial que ofrece microbiólogos con la información actual sobre las herramientas, productos químicos, equipos, medios de cultivo, los requisitos de seguridad, nuevos organismos, cambios taxonómicos y antibióticos. Además, los microbiólogos que trabajan en ciencias de la alimentación pueden utilizar la aplicación Web Browser ComBase para acceder a los datos microbiológicos relacionados con los alimentos proporcionados por las agencias gubernamentales en el Reino Unido, Australia y Estados Unidos.

referencias

• enlazar RasMol: RasMol y OpenRasMol
• enlazar Biopython: Biopython Tutorial y Cookbook
• enlazar Hardy Diagnóstico: ¿Cuál es Hugo?
• enlazar ComBase: ComBase en una cáscara de nuez

Sobre el Autor

Allen Bethea ha escrito artículos sobre la programación, diseño web, sistemas operativos y hardware del equipo desde 2002. Es licenciado en Ciencias de grados UNC-Chapel Hill y AAS en tecnología de oficina, ingeniería mecánica / redacción y la tecnología de Internet. Allen tiene una amplia experiencia con el escritorio y el software del sistema para los sistemas operativos Windows y Linux.